Используя метод меченых атомов, ученые доказали, что растения обмениваются химическими соединениями через корневые системы. Это объясняет отношения взаимопомощи между плодовыми культурами и люпинами, между овсом и викой.
Между черной смородиной и вишней порой складываются враждебные отношения, вероятно, из-за сильных ароматических летучих веществ, выделяемых ягодным кустарником.

Корни одних деревьев сближаются (у яблони и черешни, сосны и липы, дуба и клена), а корни других – нет (у сосны и осины, дуба и белой акации). Возможно, корневые выделения отталкивают растения-антагонисты друг от друга.
Выращивание картофеля в приствольных кругах яблони приводит к накоплению токсинов, вредящих деревьям. В ветвях и корнях яблони уменьшается содержание азота, изменяется состав белков, а в листьях нарушается фотосинтез.
Корни и листья грецкого, черного и маньчжурского орехов выделяют вещества, являющиеся токсинами практически для всех плодовых и ягодных культур. Яблони, груши и рябины в соседстве с орехами плохо растут, а молодые посадки погибают.
Калина и барбарис подавляют рост соседних растений, поэтому и не имеют «друзей» в саду. В барбарисе обнаружено большое содержание алкалоида берберина, который плохо влияет на окружающие растения.
Для рябины хорошие соседи – малина, лещина, груша, а вот дружба с яблоней у нее не складывается.

— Зачастую растения плохо развиваются или погибают, потому что являются переносчиками разнохозяйного ржавчинного гриба Melampsoridium betulinum друг для друга.
Осина и сосна (тополь). Первая стадия цикла развития гриба проходит на сосне, а две другие — на осине и некоторых видах тополей. Когда осина сбрасывает листву, микроорганизмы зимуют в опаде, а с наступлением весны переходят на сосну, где начинают новый цикл. Береза и лиственница. Гриб селится на лиственнице, затем споры перелетают на березу, где продолжают развитие.
Сосна кедровая сибирская, вей-мутова сосна и смородина. Первая стадия гриба проходит на сосне, затем споры разлетаются и продолжают развиваться на смородиновых листьях и ветвях. Весной возвращаются на сосну.
Черемуха и ель. Весной в еловых шишках, которые были заражены, начинается развитие гриба. Продолжается оно в листьях черемухи, и весной грибок снова поражает ель. Вот еще несколько примеров плохого соседства: дуб — бук; сосна обыкновенная — дуб монгольский; липа — вяз (мелколистный); можжевельник — боярышник, груша, рябина, яблоня; лиственница — ива, пихта.
Безопасное расстояние для посадки этих растений — 250-300 м друг от друга.